1916: Cuatro años después del título de 1912, la falta de interés en la actividad (el cricket seguía siendo El Deporte del club), Quilmes tenía unos pocos jugadores con trayectoria (el arquero Carlos Pearson, el mítico Juan Dodds Brown, el goleador Pedro Raggi) y otros buenos valores como Hugo Reid, Antonio Cerutti, Juan Pollini, Enrique Durante o Vicente Nepote, pero la falta de conformación de un equipo sólido (utilizó 29 futbolistas para disputar 19 encuentros, una cifra altísima para la época) terminó con la continuidad en el nivel más alto de nuestro fútbol que ostentaba desde su afiliación en 1900. El final fue un papelón, no se presentó a dos partidos y le cedió la localía en el último encuentro, pero sólo juntó 9 jugadores (y encima el partido no terminó -perdía 6 a 1- porque paulatinamente se fueron retirando futbolistas del campo de juego).
1934: Tras la vuelta «en los escritorios» en 1920 (que merece una nota aparte), Quilmes también perdió la categoría de esa forma. Ya el fútbol era profesional y la Liga Argentina de Football decidió potenciar las ganancias, por lo que buscó innovar armando un campeonato a 3 ruedas con los equipos que mayor rédito le daban en recaudación. Por lo tanto, obligó a que se hagan dos fusiones (Lanús y Talleres por un lado y Argentinos Juniors y Atlanta por el otro), mientras que Quilmes y Tigre (que no tenían «equipo a fusionar» a la vista). Todos estos clubes protestaron juntos, pero no pudieron cambiar la decisión de la LAF. El Cervecero y Tigre jugaron el certamen de Segunda, frente a los segundos equipos de los demás clubes (hoy serían las reservas, pero para la época esto era más habitual y la comparación -con el contexto de hoy- no es exacta). Al año siguiente, se disolverían las fusiones (aunque la de Argentinos y Atlanta se terminó en pleno campeonato de 1934) y volverían Quilmes y Tigre a Primera.
1937: Las secuelas de la pérdida de todos los jugadores de renombre en 1934 finalmente pasó factura y en 1937, Quilmes vivió una pesadilla. El peor año de su historia, con 50 futbolistas utilizados (nuevos, viejos, de renombre, amateurs). Nunca hubo equipo y ningún intento por cambiar el destino dio resultado. Una rueda sin ganar (ni una victoria como visitante), 110 goles en contra pese a tener a Ezequiel Aranda en el arco en 27 de los 34 partidos hablan a las claras de un año nefasto. Primer descenso en el profesionalismo (en la cancha).
1951: Luego del fantástico ascenso en 1949, la alegría duró poco. 1950 (salvo la goleada a River por 4-1 en la segunda fecha) fue un año difícil, en el que se salvó la categoría en la última fecha, cosa que no se logró en 1951. En esos años la diferencia entre los equipos de Primera A y Primera B eran notorias y Quilmes no hizo pie con la base del ’49, aunque -ojo- se fue de la A tras dos años, por un punto y con el estadio remodelado (se construyó la tribuna lateral que daba a la sede, que se había desmantelado a principios de la década y se ampliaron las otras tribunas).
1962: En 1961 se perdió un ascenso increíble. Quilmes llevaba 3 puntos de ventaja sobre Newell’s Old Boys a tres fechas del final (se daban 2 por victoria). Perdió ante La Lepra por 3-0 en Rosario, empató con Sarmiento como local (y NOB lo igualó en la cima) y en la última jornada visitó a Nueva Chicago, que venía 3° a un punto. Igualó 3 a 3 en un partidazo, pero el campeonato se lo quedó Ñuls. Sin embargo, la AFA condenó a los rosarinos por incentivar a los jugadores de Excursionistas (en un partido que ganó QAC 1-0) y le descontó 10 puntos. Quilmes fue proclamado campeón ya en 1962 y armó un equipo de apuro para Primera A, que fue un fracaso total (3 triunfos, 3 empates y 18 derrotas). El ascenso mitad en la cancha, mitad en los escritorios, terminó en una campaña pésimo y (de nuevo) en la B.
1970: El más increíble de todos. Un año de crisis económica en el club generó muchísimos conflictos entre los dirigentes y los jugadores (que al final del año en su gran mayoría terminaron con los pases en su poder por las abultadas deudas). En el Metropolitano arrancó con 3 derrotas y para el 4° partido presentó juveniles (perdieron 2 a 0 con Central en Rosario) por la primera medida de fuerza de los profesionales. Finalmente, el Cervecero terminó 15° entre 21, por lo que tuvo que jugar un Petit Torneo (cuadrangular) que clasificaría a dos equipos al Nacional (los otros dos irían al Reclasificación). Allí le ganó 1-0 a Huracán, empató 0-0 con Chacarita y cuando empataba 1-1 con Estudiantes de La Plata y tenía la clasificación en el bolsillo, un gol de Juan Carlos Puntorero le dio una victoria agónica a Chacarita sobre Huracán, que mandó a Quilmes al Recla. La tabla terminó con Estudiantes, Chaca y Quilmes con 4 puntos, todos con +1 en diferencia pero en goles a favor tenían 4, 3 y 2 respectivamente. En el Reclasificación, Quilmes dio 2 fechas de ventaja (volvió a presentar juveniles y perdió ambos partidos) y terminó 5° sobre 7 equipo (evitó el descenso por un punto, pero por dos no pudo evitar caer en una nueva Reclasificación). Allí el Cervecero arrancó venciendo a Almirante Brown (venía de la B) por 2-1 y luego empató con Colón (1-1). Para la última fecha el panorama era: Ferro Carril Oeste (4 puntos), Quilmes (3, +1 en diferencia de goles), Colón (1, diferencia -3) y Almirante (0). Está claro: Ferro había ascendido, Quilmes con un empate era inalcanzable para Ferro, mientras que los Mirasoles seguirían en la B. En cancha de Huracán, Ferro aplastó a Quilmes y le ganó 4-0 (un partido, que aún hoy, pese a que pasaron 41 años, merece una investigación).
1980: Luego del glorioso Metro 78, la Copa Libertadores de 1979, llegó el abismo. En el Campeonato de Primera División (por muchos mal llamado Metropolitano), si bien cosechó 16 empates, Quilmes sólo pudo ganar 2 partidos de los primeros 27 y ya no hubo tiempo para repuntar. La base del 78 (Tocalli o Palacios, Milozzi, Gáspari, Fanesi, Filardo, Andreuchi y Bianchini) increíblemente se iba al descenso. Un año para que comenten los que lo vieron, porque no le faltaba potencial a este equipo, que además tenía a Miguel Batalla y a Erwin Romero, aunque está claro que una de las claves pasó por la falta de gol.
1982: Otro descenso increíble. Luego de volver a la A en 1981 (con un equipo «onda 2011», que no enamoró a nadie), el Cervecero sorprendió a todos llegando a la final del Nacional 82, donde Ferro Carril Oeste lo venció. Otra vez la falta de gol (30 en 37 partidos) fue la gran clave, encima en un momento fundamental (a 6 fechas del final) estuvo 5 partidos sin marcar (4 derrotas y un empate) y llegó ajustadísimo a la última jornada (empatado con Unión y un punto por encima de Sarmiento). Descendían 2. El sábado 5 de febrero, por la noche jugaron Quilmes-Instituto y Unión-Sarmiento. Mientras el Cervecero se puso en ventaja rápidamente (a los 7 minutos, con gol de Jorge Sanabria), en Santa Fe pasó de todo. Para comenzar, los jugadores juninenses denunciaron que algo les habían tirado en el vestuario, que produjo que varios se descompusieran. Igualmente el partido arrancó, con demora. Luego, un corte de luz lo interrumpió en el segundo tiempo y paralelamente, terminaba el encuentro en Quilmes con la victoria del local, triunfo que condenaba al descenso a Sarmiento (tenía que esperar por un empate o derrota del Cervecero y ganar en Santa Fe). Poco después de la reanudación en Santa Fe, Ramón Centurión hizo el gol de la victoria para los Tatengues. De nada sirvieron las protestas de Quilmes, se tenía que jugar un desempate -fue el 20 de febrero de 1983-, que ganó Unión 1-0 (en Junín).
1986: La AFA «inventó» el Nacional B (actual B Nacional) y para ello inventó un Apertura B, con los equipos de la B que clasificarían al nuevo certamen. El paso de Quilmes por ese extraño torneo fue un rotundo fracaso y por única vez en su historia tuvo que jugar en la tercera categoría, la B Metropolitana (pasó que, por fortuna, sólo duró un año, ya que fue campeón en 1986/87, logrando el ascenso al Nacional B).
1991/92: Tras el campeonato de la Primera Nacional B 1990/91, Quilmes desarmó el plantel para armar otro con «más chapa» que nunca terminó de afianzarse y que ya tras el Apertura 1991/92 tenía destino de descenso. Otra campaña para el olvido, en un año muy similar al que pasó (pero sin remontada).
2006/07: Arrancó condicionado con el promedio del descenso, pero hizo todo mal en el receso (se contrató a Héctor Veira, que sólo pisó el club para su presentación y que renunció desde Alemania, donde se jugaba el Mundial) y se armó un equipo pésimo (el DT finalmente fue Mario Gómez), con un plantel totalmente desbalanceado (receta que se repitió hace un año con Hugo Tocalli) y que logró un punto en 6 fechas. Luego, para hacerla completa, el presidente José Luis Meiszner (que sumaría el 4° de su 5° descenso como presidente del club) contrató a Esteban Pogany, que jamás había dirigido un equipo y todo terminó de desbarrancar. Otro papelón, lamentablemente no fue el último.